Yeşil-beyazlılar, 2012-2013 sezonunun 34 haftalık periyodunda 14 galibiyet, 13 beraberlik ve 7 mağlubiyet elde etti. Timsah, topladığı 55 puan ile ligi 4. sırada tamamlamasına ve 4 sezon üst üste Avrupa Kupaları'na katılma başarısı elde etmesine rağmen buruk bir sezon geçirdi. Teknik Direktör Ertuğrul Sağlam'ın istifası, Başkan İbrahim Yazıcı'nın vefatı ve kaptan Ömer Erdoğan'ın futbola veda etmesi ile aynı sezonda bir çok şok etkisi yaşayan yeşil-beyazlıların bu sezon öne çıkan başlıkları ise şöyle:

09 Ağustos 2012
AVRUPA'DA FARKLI GALİBİYET
EFA 3. Ön Eleme rövanş maçında Bursaspor, sahasında konuk ettiği Finlandiya temsilcisi KuPS Kuopio'yu 6-0 yenerek adını bir üst tura yazdırdı. Teknik Direktör Ertuğrul Sağlam yönetiminde birçok ilke imza atan ve tarihi başarılar elde eden Bursaspor, Avrupa Kupaları'nda Trabzonspor ve Galatasaray ile birlikte en farklı galibiyet elde eden takım ünvanını aldı. Ayrıca, Bursaspor formasıyla çıktığı ilk resmi karşılaşmada mücadelenin kapanış golünü kaydeden genç oyuncu Ozan Tufan, Avrupa Kupaları'nda gol atan en genç futbolcu ünvanına sahip oldu.

30 Ağustos 2012
AVRUPA'YA VEDA ETTİ
Bursaspor, UEFA Avrupa Ligi Play-Off mücadelesi ilk maçında sahasında 3-1 mağlup ettiği Twente'ye rövanş karşılaşmasında uzatmalarda 4-1'lik skorla mağlup olarak Avrupa'ya veda etti. Yeşil-beyazlıların avantajlı skoru elinde bulundurmasına rağmen Avrupa Kupaları'ndan elenmesi camiada şok etkisi oluşturdu.

15 Ekim 2012
OZAN İPEK SÜRESİZ KADRO DIŞI
Bursaspor'un yıldız oyuncusu Ozan İpek, yönetim kurulu tarafından süresiz kadro dışı bırakıldı. Ozan'a ayrıca 200 bin TL para cezası verildi. Bursaspor Kulübü tarafından yapılan açıklamada, "Sözleşmeli futbolcumuz Ozan İpek hakkında teknik heyetimizin vermiş olduğu raporun yönetim kurulumuzca incelenmesi sonucunda futbolcumuza 200 bin TL disiplin para cezası verilmesine, kendisinin süresiz kadro dışı bırakılmasına, Sözleşmeli futbolcumuz Ferhat Kiraz hakkında teknik heyetimizin vermiş olduğu raporun yönetim kurulumuzca incelenmesi sonucunda futbolcumuza 25 bin TL disiplin para cezası verilmesine karar verilmiş olup, kamuoyuna saygı ile duyurulur" denildi.

28 Ekim 2012
TRABZON'DA TARİHİ GALİBİYET
Spor Toto Süper Lig'in 9. haftasında deplasmanda Trabzonspor'un konuğu olan yeşil-beyazlılar, rakibini Arjantinli yıldız Pablo Martin Batalla'nın tek golü ile mağlup ederek, bordo-mavilileri tarihinde ilk kez deplasmanda mağlup etmeyi başardı.

27 Ocak 2013
ERTUĞRUL SAĞLAM İSTİFA ETTİ
Bursaspor Teknik Direktörü Ertuğrul Sağlam, görevinden istifa etti. Yeşil-beyazlı takımda birçok ilki yaşayan ve şampiyonluk kupasını kaldıran Teknik Direktör Ertuğrul Sağlam, istifa kararının ardından düzenlediği basın toplantısında bu kararının bir veda olmadığını belirterek, "Bu kararı bir günde almadık. Kim ister, mutlu olduğu ortamdan ayrılmayı. Herkesin karara saygı göstermesini istiyorum. Yeniden bir araya gelmek için şimdi ayrılıyoruz" dedi.

07 Şubat 2013
YENİ TEKNİK DİREKTÖR HİKMET KARAMAN
Teknik Direktör Ertuğrul Sağlam'ın istifasının ardından yeşil-beyazlılar, Hikmet Karaman ile anlaşma sağladı. 2,5 yıllık sözleşmeye imza atan tecrübeli teknik adam, "Amacımız teslim aldığımız bayrağı en iyi şekilde değerlendirmek" dedi.

07 Mayıs 2013
BAŞKAN YAZICI"YI KAYBETTİK
Bursaspor Kulübü Başkanı İbrahim Yazıcı vefat etti. 3 gündür Acıbadem Bursa Hastanesi'nde yoğun bakımda hayatta kalma savaşı veren 65 yaşındaki İbrahim Yazıcı'nın saat 13.40 itibariyle hayatını kaybettiği açıklandı. Acıbadem Hastanesi Başhekimi Prof. Dr. Nadi Şener yaptığı açıklamada, Başkan Yazıcı'nın ciddi bir yoğun bakım sürecinden geçtiğini belirterek, "Hayati riski iki gün boyunca hep devam etti. Bu sabah 06.30 sıralarında tekrar kalp durması yaşadık. Tekrar canlandırıldı. Son durmadan sonra maalesef durumu kötüleşerek devam etti. Saat 13.40 itibariyle Başkan İbrahim Yazıcı'yı kaybetmiş bulunuyoruz. Allah'tan ailesine, tüm Bursaspor camiası ve sevenlerine başsağlığı diliyorum. Tıbbın tüm imkanlarıyla elimizden geldiğince gayret sarfettik ama kaybettik" diye konuştu.

13 Mayıs 2013
KAPTAN FUTBOLA VEDA ETTİ
Yeşil-beyazlı ekibin tecrübeli oyuncusu Ömer Erdoğan, Bursa Atatürk Stadyumu'ndaki son karşılaşmasına çıktı. 7 sezondur Bursaspor forması terleten kaptan Ömer Erdoğan, sezon sonunda futbolu bırakacağını açıklamıştı. Taraftarı önündeki son karşılaşmasına çıkan Erdoğan, 83. dakikada oyuna dahil olarak mücadelenin son bölümlerinde hücum hattında görev aldı. Tecrübeli oyuncuya karşılaşma sonrası takım arkadaşları ve taraftarlar sevgi gösterisinde bulundu.

19 Mayıs 2013
4 KEZ ÜST ÜSTE AVRUPA'DA
Gençlerbirliği deplasmanına tamamen yerli oyunculardan kurulu kadroyla çıkan Bursaspor, rakibi ile 2-2 berabere kalarak, ligi 4. sırada tamamladı. 4 sezon üst üste Avrupa Kupaları'na katılma başarısı elde eden Timsah'ın Avrupa Ligi'ndeki ön eleme sayısı Ziraat Türkiye Kupası'nın galibine göre belli olacak. Türkiye Kupası'nı kazanan takımın Fenerbahçe olması durumunda yeşil-beyazlılar, Beşiktaş'ın ardından Avrupa'ya giden ikinci takım olacak ve 1 ön eleme, 1 play-off maçı oynayacak. Kupa maçının galibi Trabzonspor olması durumunda ise, Bursaspor, Avrupa Ligi'ne Spor Toto Süper Lig'den katılacak son takım olacak ve 2 ön eleme, 1 play-off maçı yapacak.